背景
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游戏的故事设定于31世纪，人类已和现代科技完全脱节，并在世界各地以部族散居、过著半原始的生活。具有先进科技水准的人类祖先早已不复存在，而被称作“旧日人类”。地球上充满称为“机器”的巨大机械生物：它们虽主导整个世界，但多半与人类和平共存，而人类也时常猎捕它们取得有用的零件。然而，一个被称作“狂潮”的现象正使得机器变得更具攻击性，且不断有更大更致命的新机种出现。游戏中登场的人类部族主要有四个：诺拉、卡尔加、巴努克和欧瑟兰。居住在山地的诺拉人生性骁悍而擅长狩猎采集，并视大自然为称作“万母”的神祇崇拜。卡尔加人则以太阳为神，并在沙漠中建造了一座宏伟的城市。巴努克族由猎人和巫师组成，他们以雪地山脉为家并崇拜机器生物。能言善辩的欧瑟兰人多为工匠，并著称于他们的金属加工和酿酒技术。[7]
故事
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亚萝伊自出生就被诺拉人从部族驱逐，并由同为被逐者的罗斯特扶养长大。她年幼时曾在遗迹中找到一个名叫“Focus”的小型扩增实境装置，并能藉它获得洞察周遭环境的特殊能力。长大后，亚萝伊为被族人接纳及成为诺拉勇者的一员，而参加称为“试炼”的比赛仪式。她虽赢得第一，诺拉族人却在比赛终点处遭邪教徒袭击。亚萝伊险些被邪教首领希利斯杀害，但罗斯特及时挺身相救，却也因此牺牲性命。亚萝伊醒后，诺拉长母提尔莎告诉她邪教徒能够操控劣化的机器生物；她也得知自己从未有亲生父母，当年还是婴儿的她突然出现在诺拉山中一扇深锁的金属舱盖前而被发现。亚萝伊从一名欧瑟兰人欧林获知，袭击他们的邪教徒是卡尔加叛乱团体“日蚀教”的一份子，而自己会被当成目标是因外貌与一位旧日世界的科学家——伊莉莎白·索贝克博士极为神似。亚萝伊找到“法罗自动化解决方案”公司的遗迹，并发现旧日世界是因法罗制造的军用机器人失控，而在约一千年前完全毁灭。法罗机器人以生物质为能源，且具有自我复制的能力，因而迅速吞噬整个地球的生物圈、进而使所有生命灭绝。索贝克博士当年带领称为“零之曙光”的极密计画，目的是建立一个全自动星球改造系统，期望在未来关闭所有法罗机器人后，使地球重获新生[7][35]。
欲深究“旧日人类”下场的神秘人物赛伦斯透过亚萝伊的Focus向她联系，并给予她线索。亚萝伊得知，索贝克博士曾被派往一个废弃的太空发射基地完成零之曙光计画，而赛伦斯告诉她这个基地就位在日蚀教权力中心“城塞”的下方。亚萝伊前往基地，并发现零之曙光实为一巨型地底设施，包含大量的资料库和复制工厂，并全由名叫“盖娅”的人工智慧掌控。在所有生命消失殆尽后，盖娅的反制手段成功关闭所有法罗机器人，并建造它自己的机器以重建地球的生物圈。当地球恢复宜居的环境后，盖娅便利用储存的DNA复制出新生命散布在世界各地，并教导第一代复制人类切勿重蹈他们祖先的覆辙。然而，法罗的创办人兼执行长泰德·法罗却因一时心中虚无主义作祟，而破坏原先设计用来教育新人类的从属函式“阿波罗”，后来从人造子宫诞生的新人类也因此沦为缺乏科学知识、各自谋生的部族社会。盖娅具有类似故障保险功能的另一从属函式“黑底斯”：一旦零之曙光产生的地球环境不适宜人类生存，黑底斯将发动一场可控制的大灭绝，以让盖娅重新来过。亚萝伊找到基地中索贝克博士的办公室，并取得能让她开启诺拉山中舱盖的登录档，却在离开时遭突袭基地的希利斯俘虏并带回城塞。亚萝伊被希利斯判处死刑，不过在赛伦斯的帮助下成功逃脱。她回到诺拉领地协助击退侵略族人的日蚀教，并进入诺拉山来到她出生的舱盖门前[7][35]。
亚萝伊打开舱门后，发现诺拉山实为孕育新人类的摇篮设施，并在其中找到一则盖娅留下的讯息。她从讯息中得知有一未知来源的资料传输使黑底斯苏醒并夺取盖娅的控制权。盖娅不得已选择自我毁灭以阻止黑底斯，但在失去人工智慧的中央规范下，整个星球改造系统将逐渐崩坏。为应变这个危机，盖娅创造了索贝克博士的复制人——也就是亚萝伊，以期她某日能找到盖娅的讯息、摧毁黑底斯、并恢复盖娅的功能。亚萝伊也得知，索贝克博士最后牺牲自己的性命以确保法罗机器人不会找到盖娅。亚萝伊取得摧毁黑底斯所需的总覆盖指令后，终于见到赛伦斯本人。赛伦斯向亚萝伊承认，当初他因受黑底斯拥有的旧日人类知识诱惑，而创立了作为黑底斯傀儡的日蚀教。在赛伦斯的帮助下，亚萝伊推测黑底斯企图发送重启法罗机器人的讯号，以再次毁灭地球上的生命。亚萝伊最终杀死希利斯、击退劣化机器，并用赛伦斯的长矛将总覆盖指令植入黑底斯，终结了这场战乱。不过，片尾彩蛋也留下伏笔——赛伦斯掌控了未被完全消灭的黑底斯，打算质问它并找出传输讯号将它唤醒的幕后黑手[7]。
《冰冻荒野》
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传闻巴努克族领地挥刀断崖附近的雷鼓山正猛窜黑烟，且有凶暴的机器生物出现。亚萝伊因而前往调查，并从当地的首领亚拉塔克得知，巴努克人正与雷鼓山上的“守魔”征战，但首次出师不利，他们的巫师欧莉亚也在不久后失踪。亚萝伊在搜索欧莉亚的途中发现许多能够劣化周遭机器生物的怪异机塔，而最后在一处已被改建为巴努克神殿的旧日人类设施中找到她。欧莉亚多年前在那里发现一个她取名叫“神灵”的人工智慧，并相信它是某种迷失的机器灵魂。亚萝伊成功与神灵建立联系，却在它警告欧莉亚守魔正阻挡传讯后不久便中断。亚萝伊同意帮助解救神灵，但因首领拒绝让欧莉亚前往雷鼓山，而必须先取代亚拉塔克成为巴努克族的首领。她这才发现，亚拉塔克与欧莉亚两人实为兄妹[36]。
亚萝伊前往挑战亚拉塔克，却在最后关卡遭守魔机器突袭。两人最终协力击败机器，亚拉塔克也因佩服亚萝伊的能耐而让她成为首领。亚萝伊随欧莉亚和亚拉塔克一同前往雷鼓山，并在山中的旧日世界设施发现，神灵实为名叫“青恩”的人工智慧，其功能是防止黄石火山再次喷发。深入山中后，他们发觉守魔已掌控大部分的设施，但青恩建议利用火山的熔岩摧毁遭侵入的区域。亚萝伊循线得知，守魔其实是盖娅的另一个从属函式“赫菲斯托斯”，负责执掌机器生物的制造。三人突破赫菲斯托斯的防守后，欧莉亚牺牲自己覆写青恩的核心，让它转移至辅助资料中心以启动摧毁设施的连锁反应。亚萝伊回到巴努克神殿，也就是青恩转移后的所在地；青恩告诉亚萝伊更多有关旧日世界的资讯，但也警告她赫菲斯托斯仍在某处运作，并不断建造残害人类的机器。亚拉塔克感谢亚萝伊为巴努克人所做的贡献，而亚萝伊也在离去前将首领一职还予亚拉塔克[36]。